Sezon 9 — 20 bölüm
Öfkeli Ajan Doggett, İkinci Müdür Kersh’e karşı yürüttüğü soruşturmayı ilerletebilmek için Mulder’ı bulmaya çalışmaktadır fakat Scully ve Skinner, dosyayı kapatması için onu ikna etmeyi başarır.
B01 · Bugün Önemli Bir Şey Olmadı
B02 · Bugün Önemli Bir Şey Olmadı II
B03 · Dæmonicus
B04 · 4-D
B05 · Sineklerin Tanrısı
B06 · Kimseye Güvenme
B07 · John Doe
B08 · Cehennemlik
B09 · Menşe
B10 · Tanrı
B11 · Audrey Pauley
B12 · Altında
B13 · Olanaksız
B14 · Korkunç Canavarlar
B15 · Tepetaklak
B16 · William
B17 · Serbest Bırakmak
B18 · Güneşli Günler
B19 · Gerçek
B20 · Gerçek II